עליית שלש מאות חכמים מבעלי התוספות
ביום כ"ג תמוז תתנ"ט (1099) נכבשה ארץ ישראל בידי הצלבנים. הם ערכו בימים הראשונים לשלטונם, טבח ביושביה היהודים והמוסלמים, והלכו להשתטח על קבר משיחם כשידיהם מגואלות בדם קרבנותיהם. כנופיות הפושעים והרוצחים, חלאת אירופה הנוצרית, מצאו בירושלם מקום לספק את תאוותיהן הנפשעות והחולניות לשפיכת דם, כשעל דגלם מתנוססת המטרה של "גאולת" קבר משיחם מידי הכופרים. ירושלם הפכה שוב לעיר נוצרית ולמרכז הכנסיה הלטינית שבראשה עמד הפאטריארך, תושביה היו הצלבנים, הפראנקים והאבירים אבירי הרצח והשוד, שהחרימו את נכסי העיר אחרי שהשמידו את יושביה.
ושוב יצא חוק מפורש מאת גודפריד מבויאן כובשה של ירושלם, ואחרי מותו מאת בולדווין אחיו, שהכתירו את עצמם בכתר "מלכי ירושלם", שאסר את חידוש הקהילה היהודית בעיר. אף על המוסלמים נאסר לבוא לירושלם ולדור בה. הם השקיעו מאמצים עצומים לעקור ולשרש אחרי כל זכר יהודי בירושלם ולהטביע ככל האפשר חותם נוצרי על העיר.
הצלבנים שלטו בירושלם קרוב לתשעים שנה, אך הגזירה על היהודים שלא לבא לירושלם רפתה במשך הזמן. כך אנו מוצאים יהודים מבקרים, תיירים ועולי רגל ואפילו מספר תושבים יהודים קבועים בעיר, בין המבקרים את ירושלם באותם ימים אפשר למצוא את הנוסע רבי בנימין מטודילא שאף כתב ספר מסעות ובו תיאור מפורט על הנעשה בעיר, רבי פתחיה מרגנשבורג – תלמידו של רבינו תם ואחיו של רבי יצחק הלבן מבעלי התוספות, ואת רבי יעקב ב"ר נתנאל הכהן.
אחרי הכיבוש הערבי בשנת תתקמ"ז (1187), נפתחו שערי ירושלם לרווחה בפני היהודים. צאלח א דין הביע בכך את הערכתו ליהודים שנלחמו יד ביד עם הערבים נגד הצלבנים, ולא רק שהתיר להם להתישב בירושלם, אלא שגם שידל אותם לכך ועשה מאמצים רבים למשוך אותם ליישב את העיר.
השמועה על פתיחת שערי ירושלם פשטה עד מהרה בכל תפוצות ישראל, היא נקלטה במיוחד באירופה המערבית שסבלה באותם הימים ממסעי הצלב וקהלות רבות התדלדלו והתרוקנו מיושביהן. שנת תתק"ע (1210) מציינת תחילתה של עליה גדולה לארץ ישראל, בעיקר מצרפת ומאנגליה. באותה שנה ובשנה שלאחריה עלו כשלש מאות חכמים מבעלי התוספות הצרפתים לארץ ישראל.
ראשוני העולים היו רבי יהונתן ב"ר דוד הכהן, מגדולי חכמי לוניל, תלמידם וידידם של הרמב"ם והראב"ד בעל ההשגות, רבי סעדיה ורבי טוביה מחכמי צרפת, ורבי שמואל ב"ר שמשון מחכמי פרובינציה. רבי שמואל נפגש בארץ ישראל עם רבי דוד ממוסול ראש הגולה, והוא עזר לו לקבל רשיון להתישבות יהודית בירושלם מאת מושל העיר, יחד אתו סייר בארץ לארכה ולרחבה, השתטח על קברי צדיקים, וכתב דין וחשבון מפורט ממסעו ומכל המקומות בהם ביקר, אף עלתה בידו לחדור למערת המכפלה. כך מספר בעל "שבט יהודה": "הם הגיעו למרסיל וירדו באניה עד אלכסנדריה, וילכו כל ארץ גושן ובמדבר עד בואם לעיר הקודש, ובאו חברונה, ושם מצאו ראש הגולה מבבל ובידו חותם הכליפה אחמוד מבגדד, אשר מלך משנת תתק"מ עד שנת תתקפ"ח, הם הלכו בחברתו כל ארץ יהודה עד עיר ברעם, ומר שמואל לא עזב הראש ההוא, והלך עד ננוה הנקראת מוסול, ארצו של הראש, אחר כך שב לארצו והביא בידו גם חותם מלך ירושלם [ממלכי הנוצרים שהיו בימים ההם בכמה מערי ארץ ישראל] לכל הבאים לארץ הקודש ובידו כל דברי מסעותיו שכתב זכרון בספר, וילך לערי צרפת הצפונית וערי אנגלטירה (אנגליה) ויער את רוחם לעלות ירושלימה".
הנה כי כן היה רבי שמואל שגרירה הנודד של ירושלם, הוא הפיץ גם כתבים בהם עודד את העליה. על המכתבים חתם "שמואל ב"ר שמשון הכהן הבא מירושלם ומן הגליל בשנת תתקע"א ויש לי חותם מלך ירושלם בידי עדות מכתב זה".
בראש שיירה אחרת של בעלי התוספות עמדו רבי יוסף ב"ר ברוך [המוזכר בתוספות בשם "רבי יוסף איש ירושלם", "רבי יוסף מארץ ישראל", "רבי יוסף שהלך לארץ הצבי"] ואחיו רבי מאיר, רבי אברהם הזקן ורבי דוד אף הם מגדולי בעלי התוספות, הם הגיעו לארץ ישראל דרך מצרים וביקרו שם בביתו של רבי אברהם בן הרמב"ם ששמח מאד לקראתם וקיבלם בכבוד רב. בספרו "מלחמת ה'" מספר רבי אברהם "וכשהגיעו חכמי צרפת אל הארץ הזאת … ראינו שהיו בעלי חכמה וסברא ובינה ויראה ושמחנו בהם ושמחו הם בנו ועשינו בכבודם כפי חובתנו".
על שיירה זו נמנה גם רבי שמשון ב"ר אברהם משאנץ, אלא שלא כראשונים לא עבר דרך מצרים, אם משום שלא רצה להפגש עם רבי אברהם בנו של הרמב"ם שהוא חלק עליו, אם משום שלא רצה לעבור על הכתוב "לא תוסיפו לשוב בדרך הזה עוד" (דברים יז, יז). אף הוא נקרא "איש ירושלם" "איש ציון". בזמן ישיבתו בארץ ישראל אסף ידיעות רבות על תכונות הארץ וגבולותיה וכללן בפירושו למשניות סדר זרעים.
בירושלם נתקבלו בכבוד רב על ידי שליט העיר, הוא חנן אותם בזכויות מיוחדות ונתן להם אפשרות לבנות לעצמם בתי כנסיות ובתי מדרשות ולהפיץ את תורתם. בעל "שבט יהודה" אף יודע לספר כי "נעשה להם נס והתפללו על הגשמים ונענו ונתקדש שם שמים על ידם". רבי יהודה אלחריזי שביקר בירושלם בשנת תתקע"ו ראה אותם בירושלם והוא כותב בספרו "תחכמוני": "ויפגעו בי מלאכי אלקים הם חסידי עליון הבאים מארץ צרפת לשכון בציון ובראשם הרב החסיד רבי יוסף בן הרב רבי ברוך יהי לאלקיו ברוך, ואחיו החכם רבי מאיר בנר שכלו חשכים מאיר".
לא כל העולים השתקעו בירושלם, רבים מהם וביניהם רבי שמשון משאנץ השתקעו בעכו שנשארה בידי הצלבנים, זו היתה אחת הסיבות לכך שירושלם לא חזרה לשמש מרכז של תורה וחכמה עם ישיבה שממנה תצא תורה בכל תקופת הממלוכים אף שישבו בה חכמים גדולים.
בשנת תתק"ץ (1229) נכבשה ירושלם בידי הקיסר הגרמני פרידריך הוהנשטויפן שהכתיר את עצמו בשם "מלך ירושלם" והנוצרים הרימו ראש. אך לא עברו כעשר שנים והעיר נכבשה מידיהם בידי המלך המצרי שהרס את בצורי הצלבנים כדי למנוע את כיבושה מחדש. ארבע שנים לאחר מכן נפלה העיר שוב בידי הפראנקים, אך הם לא החזיקו בה מעמד אלא כשנה אחת.
העיר עוברת מיד ליד כשהיא שותתת דם. בשנת ה"א ד' החריבו הטורקים את העיר. כעבור שלש שנים גירש אותם צאלח אל איובי נכדו של צאלח אל דין. בשנת ה"א י"ט (1260) החריבו הטאטארים של חולאגו כאן את העיר, אך השולטאן המצרי טאהר אל ביברס כבש את העיר שנים מספר לאחר מכן, גירש את הטאטארים מן העיר, סתם את פרצות החומה, הקים כמה מצודות, ששרידיהן קיימים עד היום, בתוכם החלק העליון שעל מגדל דוד.
כתוצאה מכל המלחמות האלה נהרסה ונחרבה העיר לחלוטין. תושביה, גם היהודים וגם המוסלמים, נהרגו על ידי הכובשים השונים שפשטו על העיר כארבה, ובמידה שנשארו בחיים ברחו מן העיר ועברו לצפונה ולדרומה של הארץ, שסבלו פחות מכל התהפוכות והמהומות. רק בודדים ואמיצי לב נשארו בעיר והחזיקו מעמד על אף כל התלאות. בחלקם של אלו נפלו גזירות ועלילות חדשות לבקרים, מסים קשים וארנונות, רדיפות ועלבונות, שמדות וגירושים. כל שלטון חדש חשד בהם בבגידה ובמתן עזרה למנוצחים, והכביד את ידו עליהן בטענות ובתואנות שונות.
עיר חרבה ושוממה הרוסה לחלוטין, מספר תושבים קטן עד לידי אימה, היא עצמה זרועה הריסות וחורבות. כזו היתה העיר ירושלם כפי שנתגלתה לעיני רבינו משה בן נחמן (הרמב"ן) כאשר עלה אליה בערוב ימיו.